¿Cómo estuvo organizado administrativamente el virreinato del Perú en los siglos XVI - XVII y en los siglos XVII y XIX?

La organización administrativa en el siglo XVII llegó geográficamente a abarcar en un momento dado de la presencia hispánica, desde el Istmo de Panamá hasta el extremo sur de Sudamérica bordeando principalmente el Océano Pacífico y también parte del Océano Atlántico. Su extensión geográfica superó los límites del Imperio Inca.
Posteriormente, los Borbones como parte de sus reformas, crearon los Virreinatos de Nueva Granada (1717-1723, 1739-1810) y del Río de la Plata (1776-1811), dada la dificultad de administrar un área geográfica tan grande, circunscribiendo sus límites.
El Virreinato comprendía originalmente las siguientes audiencias:

Panamá (1538)
Lima (1543)
Santa Fe de Bogotá (1548)
La Plata de los Charcas (1559)
Quito (1563)
Chile (1563-1573, establecida definitivamente en 1606)
Buenos Aires (1661-1672, establecida definitivamente en 1776)
Caracas (1786);
y Cusco (1787)
Con la creación de los virreinatos de Nueva Granada perdió Panamá, Santa Fe de Bogotá y Caracas; y del Río de la Plata la audiencia de Buenos Aires.

Posteriormente reorganizado en 1783, como parte de las reformas borbónicas se crean las intendencias de: Arequipa (1784), Puno (1783), Cuzco (1784), Huamanga (1784), Huancavelica (1784), Lima (1783), Tarma (1784), Trujillo (1784) en el Perú y Santiago (1786) y Concepción (1786) en Chile.
En lo militar el Virreinato del Perú financió, por medio del real situado, las campañas militares contra los mapuches en la Guerra de Arauco que se extendió por todo el período colonial. Así como de la fortificación del puerto de Callao que fue el último puesto militar en la América española en rendirse ante los patriotas.
El Virreinato fue afectado por sublevaciones indígenas en el siglo XVIII destacándose las de Juan Santos Atahualpa (1742), siendo ésta la primera en toda América, y Tupac Amaru (1781). En el siglo XVI-XVII el Virreinato fue de extensión grande y en el siglo XVII-XIX este por ordenes del Rey de España se dividió en varios Virreinatos.